Integration af eLabFTW medCharlie: AI til tjeneste for dit laboratoriejournal

Videnskabelig dokumentation er kernen i moderne forskning, men udgør også en stor udfordring for forskere. Mellem at føre et omhyggeligt laboratoriejournal og analysere eksisterende litteratur kan den tid, der bruges på disse administrative opgaver, hurtigt gå ud over selve forskningsarbejdet.

Det er i denne sammenhæng, at Emerit Sciencennoncerer integrationen afCharlie sin videnskabelige AI-agent med eLabFTW, det mest populære open source-elektroniske laboratoriejournal (ELN) i Europa. Denne integration lover at revolutionere den måde, forskere dokumenterer, analyserer og udnytter deres eksperimenter på.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) er et gratis og open source elektronisk laboratorienotatbog, udviklet under AGPLv3-licens. Det blev lanceret i 2012 og bruges i dag af hundredvis af laboratorier over hele verden, fra bioteknologiske startups til offentlige forskningsinstitutter.

Værktøjet kombinerer flere vigtige funktioner:

• Elektronisk laboratoriejournal: Registrering af eksperimenter med tidsstempel, digitale signaturer og overholdelse af standarder for videnskabelig sporbarhed
• Lagerstyring: Overvågning af ressourcer (kemiske forbindelser, plasmider, antistoffer, cellelinjer)
• Reservationssystem: Planlægning af deling af udstyr og ressourcer mellem teams
• Granulære tilladelser: Præcis kontrol over, hvem der kan se eller ændre indholdet
• Eksport i flere formater: PDF, ZIP, CSV, JSON og standardiseret ELN-format

Integrationen mellem Charlie og eLabFTW foregår på en transparent måde via eLabFTW's RESTful-API. Charlie kan få adgang til dine eksperimenter, protokoller og data direkte fra din eLabFTW-instans, samtidig med at de tilladelser, du har konfigureret, overholdes.

Her er de vigtigste funktioner i denne integration:

Når du dokumenterer en ny oplevelse i eLabFTW, kan Charlie automatisk:

• Søg efter relevant litteratur omPubMed og PubMed Central
• Find patenter relateret til din protokol på Espacenet
• Foreslå relaterede artikler og alternative metoder
• Tilføj formaterede bibliografiske referencer direkte i din eLabFTW-indtastning

Denne funktion forvandler dit laboratoriebog til et aktivt videnskabeligt overvågningsværktøj, der automatisk sætter hvert eksperiment ind i en kontekst i forhold til den aktuelle viden på området.

Charlie kan analysere dine eksperimentelle resultater og hjælpe dig med at:

• Fortolkning af data: Identificer tendenser, afvigelser eller mønstre i dine resultater
• Sammenlign med litteraturen: Sammenlign dine observationer med det, der er blevet offentliggjort.
• Foreslå opfølgende eksperimenter: Foreslå kontroller eller eksperimentelle variationer baseret på dine resultater.
• Generer resuméer: Opret automatisk resuméer af dine erfaringer til rapporter eller publikationer

Det kan være tidskrævende at finde en bestemt oplevelse i flere års arkiver. Med Charlie kan du søge i dit laboratoriejournal på naturligt sprog:

Charlie forstår den videnskabelige kontekst bag dine forespørgsler og kan sammenholde oplysninger fra flere eksperimenter for at give dig et samlet overblik.

Kontekst: En ph.d.-studerende i molekylærbiologi dokumenterer i eLabFTW en række mislykkede kvantitative PCR-forsøg.

Charlies handling:

• Analyserer de dokumenterede eksperimentelle betingelser (temperaturer, koncentrationer, primere)
• Søg i PubMed efter de seneste artikler om almindelige problemer med qPCR.
• Identificerer en publikation, der foreslår en ændring af hybridiseringstemperaturen for GC-rige sekvenser.
• Foreslår automatisk denne ændring i eLabFTW-posten med den tilhørende reference

Resultat: Besparelse på flere dages fejlfinding og øjeblikkelig adgang til offentliggjorte bedste praksis.

Kontekst: En postdoktorand skal skrive afsnittet Materialer og metoder i en videnskabelig artikel.

Charlies handling:

• Henter alle erfaringer relateret til projektet fra eLabFTW
• Identificerer anvendte protokoller og metoder
• Generer et første udkast til afsnittet Materiale og metoder i akademisk format.
• Tilføj referencer til de anvendte sæt, reagenser og udstyr

Resultat: Reduktion af udarbejdelsestiden fra flere timer til få minutter, med fuldstændig og sporbar dokumentation.

Kontekst: Et CNRS-laboratorium ønsker at indgive en patentansøgning på en ny teknik til oprensning af proteiner.

Charlies handling:

• Analyser erfaringerne med udvikling af teknikken i eLabFTW
• Søg på Espacenet efter eksisterende patenter, der dækker lignende metoder.
• Identificerer nye elementer i forhold til tidligere teknik
• Genererer en patentovervågningsrapport til at ledsage ansøgningsdossieret

Resultat: Hurtig vurdering af patentlandskabet og grundig forberedelse af intellektuelle ejendomsrettigheder.

En af de største fordele ved denne integration er den digitale suverænitet, den garanterer. I modsætning til amerikanske løsninger, der overfører dine data uden for Den Europæiske Union, er integrationen mellem eLabFTW og Charlie fuldt ud i overensstemmelse med GDPR:

• eLabFTW er selvhostet på dine egne servere eller på en europæisk infrastruktur (via Deltablot).
• Charlie er hostet i Frankrig hos en europæisk cloududbyder
• Ingen overførsel af data til USA eller uden for EU
• Fuld overensstemmelse med kravene fra franske offentlige institutioner (CNRS, INSERM, universiteter)

Det er nemt at integrere eLabFTW x Charlie, og det kræver ingen avancerede tekniske færdigheder:

Trin 1: Generer en nøgle API i eLabFTW

I din eLabFTW-instans skal du gå til din brugerprofil og generere en ny nøgle API. Denne nøgle giver Charlie adgang til dine eksperimenter i overensstemmelse med dine tilladelser.

Trin 2: Konfigurer integrationen iCharlie

I grænsefladen til Charlie skal du tilføje din eLabFTW-instans ved at angive:

• URL-adressen til din eLabFTW-instans (f.eks. https://lab.example.com)
• Din nøgleAPI

Trin 3: Definer dine præferencer

Vælg de funktioner, du ønsker at aktivere:

• Automatisk berigelse af oplevelser
• Analyse af resultater efter anmodning
• Samtalesøgning i laboratoriebogen

Betydelig tidsbesparelse

Dokumentation, litteraturgennemgang og analyse af resultater kan udgøre op til 30 % af en forskers arbejdstid. Med integrationen af eLabFTW x Charlie reduceres denne tid betydeligt, så man kan koncentrere sig om eksperimenter og innovation.

Forbedret kvalitet og sporbarhed

Automatisk kontekstualisering af eksperimenter og tilføjelse af relevante referencer beriger dit laboratoriebog. Hvert eksperiment bliver et komplet, sporbart og referencet dokument.

Fremme af samarbejde

De sammenfatninger, der genereres af Charlie, giver teammedlemmerne mulighed for hurtigt at forstå et projekts historie, selvom de ikke har deltaget i de indledende eksperimenter. Overførslen af viden fremskyndes.

Forenklet forberedelse af publikationer

Den automatiske generering af afsnittene Materiale og metoder, eksperimentoversigter og litteraturlister gør det betydeligt hurtigere at skrive videnskabelige artikler.

Integrationen af eLabFTW x Charlie er kun begyndelsen. Emerit Science arbejder aktivt på nye funktioner:

• Prediktiv analyse: Foreslå opfølgende oplevelser baseret på maskinlæring af dine tidligere resultater
• Integration med andre værktøjer: Forbindelse med GraphPad Prism, ImageJ og andre dataanalyseprogrammer
• Intelligente skabeloner: Automatisk generering af optimerede protokoller baseret på nyere litteratur
• Detektion af afvigelser: Automatisk identifikation af afvigende resultater eller resultater, der kræver særlig opmærksomhed

Integrationen mellem eLabFTW og Charlie illustrerer en vision om videnskabelig forskning, hvor kunstig intelligens ikke erstatter forskeren, men hjælper ham med de mest tidskrævende opgaver. Ved at kombinere den elektroniske dokumentations nøjagtighed med AI's analytiske styrke baner denne integration vejen for en mere effektiv, bedre dokumenteret og mere samarbejdsbaseret forskning.

For europæiske laboratorier, der er optaget af deres digitale suverænitet og overholdelse af GDPR, udgør denne 100 % europæiske løsning et troværdigt alternativ til de amerikanske tilbud. Fremtiden for videnskabelig forskning afhænger af åbne, suveræne og intelligente værktøjer.