Інтеграція eLabFTW з Charlie: штучний інтелект на службі вашого лабораторного журналу

Наукова документація є основою сучасних досліджень, але вона також становить серйозний виклик для науковців. Між веденням ретельного лабораторного журналу та аналізом існуючої літератури час, витрачений на ці адміністративні завдання, може швидко забирати час, відведений на власне дослідження.

Саме в цьому контексті компанія Emerit Scienceанонсує інтеграцію свого наукового агента штучногоCharlie інтелекту з eLabFTW, найпопулярнішим в Європі електронним лабораторним журналом (ELN) з відкритим кодом. Ця інтеграція обіцяє революціонізувати спосіб, у який дослідники документують, аналізують та оцінюють свої експерименти.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) — це безкоштовний електронний лабораторний щоденник з відкритим кодом, розроблений під ліцензією AGPLv3. Запущений у 2012 році, сьогодні він використовується сотнями лабораторій по всьому світу, від біотехнологічних стартапів до державних науково-дослідних інститутів.

Цей інструмент поєднує в собі кілька основних функцій:

• Електронний лабораторний зошит: реєстрація експериментів з часовими мітками, цифровими підписами та відповідністю стандартам наукової простежуваності
• Управління запасами: відстеження ресурсів (хімічні сполуки, плазміди, антитіла, клітинні лінії)
• Система бронювання: планування розподілу обладнання та ресурсів між командами
• Детальні дозволи: точний контроль над тим, хто може переглядати або змінювати вміст
• Експорт у різних форматах: PDF, ZIP, CSV, JSON та стандартизований формат ELN

Інтеграція між Charlie та eLabFTW здійснюється прозоро через RESTful API eLabFTW. Charlie може отримати доступ до ваших експериментів, протоколів та даних безпосередньо з вашої інстанції eLabFTW, дотримуючись налаштованих вами дозволів.

Ось основні функції цієї інтеграції:

Коли ви документуєте новий експеримент в eLabFTW, Charlie може автоматично:

• Шукати відповідну літературу на PubMedPubMed Central
• Визначте патенти, пов'язані з вашим протоколом, на Espacenet
• Пропонувати пов'язані статті та альтернативні методики
• Додайте форматовані бібліографічні посилання безпосередньо у ваш запис eLabFTW

Ця функція перетворює ваш лабораторний зошит на інструмент активного наукового моніторингу, який автоматично контекстуалізує кожен експеримент у контексті сучасного стану науки.

Charlie може проаналізувати результати ваших експериментів і допомогти вам:

• Інтерпретація даних: виявлення тенденцій, аномалій або закономірностей у ваших результатах
• Порівняйте з літературою: порівняйте свої спостереження з тим, що було опубліковано.
• Пропонувати експерименти для подальшого спостереження: пропонувати контрольні або експериментальні варіації на основі ваших результатів.
• Створення резюме: автоматичне створення резюме вашого досвіду для звітів або публікацій

Пошук конкретного досвіду в багаторічних архівах може бути дуже трудомістким. За допомогою Charlie ви можете здійснювати пошук у своєму лабораторному журналі, використовуючи природну мову:

Charlie розуміє науковий контекст ваших запитів і може поєднувати інформацію з різних експериментів, щоб надати вам загальну картину.

Контекст: Аспірантка з молекулярної біології документує в eLabFTW серію невдалих спроб кількісної ПЛР.

ДіяCharlie:

• Аналізує задокументовані експериментальні умови (температури, концентрації, ініціатори)
• Пошук в PubMed останніх статей про поширені проблеми qPCR
• Ідентифікує публікацію, в якій пропонується змінити температуру гібридизації для послідовностей з високим вмістом GC.
• Автоматично пропонує цю зміну у записі eLabFTW із відповідним посиланням.

Результат: економія декількох днів на усунення несправностей та негайний доступ до опублікованих найкращих практик.

Контекст: Аспірант повинен написати розділ «Матеріали та методи» наукової статті.

ДіяCharlie:

• Збирає всі досвід, пов'язаний з проектом, з eLabFTW
• Визначає використовувані протоколи та методології
• Створює перший варіант розділу «Матеріали та методи» в академічному форматі.
• Додайте посилання на використовувані набори, реагенти та обладнання.

Результат: скорочення часу на складання документів з декількох годин до декількох хвилин, з повною та простежуваною документацією.

Контекст: Лабораторія CNRS бажає зареєструвати патент на нову технологію очищення білків.

ДіяCharlie:

• Аналізує досвід розвитку техніки в eLabFTW
• Пошук на Espacenet існуючих патентів, що охоплюють подібні методи
• Визначає елементи новизни порівняно з попереднім мистецтвом
• Створює звіт про патенти для супроводу пакету документів для подання заявки

Результат: Швидка оцінка патентного ландшафту та ретельна підготовка пакету документів щодо інтелектуальної власності.

Однією з головних переваг цієї інтеграції є гарантована нею цифрова суверенність. На відміну від американських рішень, які передають ваші дані за межі Європейського Союзу, інтеграція eLabFTW x Charlie повністю відповідає вимогам GDPR:

• eLabFTW розміщується на ваших власних серверах або на європейській інфраструктурі (через Deltablot).
• Charlie розміщений у Франції, у європейського постачальника хмарних послуг
• Відсутність передачі даних до США або за межі ЄС
• Повна відповідність вимогам французьких державних установ (CNRS, INSERM, університети)

Впровадження інтеграції eLabFTW x Charlie є простим і не вимагає жодних спеціальних технічних знань:

Крок 1: Створення ключа API в eLabFTW

У вашій інстанції eLabFTW перейдіть до свого профілю користувача та створіть новий ключ API. Цей ключ дозволить Charlie отримати доступ до ваших експериментів відповідно до ваших дозволів.

Крок 2: Налаштування інтеграції вCharlie

В інтерфейсі Charlie додайте свій екземпляр eLabFTW, вказавши:

• URL-адреса вашої інстанції eLabFTW (наприклад: https://lab.example.com)
• Ваш ключAPI

Крок 3: Визначте свої уподобання

Виберіть функції, які ви хочете активувати:

• Автоматичне збагачення досвіду
• Аналіз результатів на запит
• Розмовний пошук у лабораторному зошиті

Значна економія часу

Документація, бібліографічний моніторинг та аналіз результатів можуть займати до 30% робочого часу дослідника. Завдяки інтеграції eLabFTW x Charlie цей час значно скорочується, що дозволяє зосередитися на експериментах та інноваціях.

Покращена якість та простежуваність

Автоматична контекстуалізація експериментів та додавання відповідних посилань збагачують ваш лабораторний зошит. Кожен експеримент стає повноцінним науковим документом, який можна відстежити та процитувати.

Сприяння співпраці

Синтези, створені за допомогою Charlie, дозволяють членам команди швидко зрозуміти історію проекту, навіть якщо вони не брали участі в початкових експериментах. Це прискорює передачу знань.

Спрощене підготовлення публікацій

Автоматичне створення розділів «Матеріали та методи», резюме експериментів та списків бібліографічних посилань значно прискорює процес написання наукових статей.

Інтеграція eLabFTW x Charlie — це лише початок. Emerit Science активно працює над новими функціями:

• Прогнозний аналіз: пропонувати подальші експерименти на основі машинного навчання з ваших минулих результатів
• Інтеграція з іншими інструментами: підключення до GraphPad Prism, ImageJ та іншого програмного забезпечення для аналізу даних
• Інтелектуальні шаблони: автоматичне створення оптимізованих протоколів на основі останніх наукових публікацій
• Виявлення аномалій: автоматична ідентифікація результатів, що є нетиповими або потребують особливої уваги.

Інтеграція між eLabFTW та Charlie ілюструє бачення наукових досліджень, в якому штучний інтелект не замінює дослідника, а допомагає йому у виконанні найбільш трудомістких завдань. Поєднуючи ретельність електронної документації з аналітичною потужністю ШІ, ця інтеграція відкриває шлях до більш ефективних, краще задокументованих та більш спільних досліджень.

Для європейських лабораторій, які піклуються про свою цифрову суверенність та відповідність вимогам GDPR, це 100% європейське рішення є надійною альтернативою американським пропозиціям. Майбутнє наукових досліджень залежить від відкритих, суверенних та інтелектуальних інструментів.