Integratie van eLabFTW metCharlie: AI ten dienste van uw laboratoriumnotitieboek

Wetenschappelijke documentatie vormt de kern van modern onderzoek, maar vormt ook een grote uitdaging voor onderzoekers. Tussen het bijhouden van een nauwkeurig laboratoriumdagboek en het analyseren van bestaande literatuur kan de tijd die aan deze administratieve taken wordt besteed al snel ten koste gaan van het eigenlijke onderzoek.

In deze context kondigt Emerit Science de integratie aan van Charlie, zijn wetenschappelijke AI-agent, met eLabFTW, het populairste open source elektronische laboratoriumnotitieboek (ELN) in Europa. Deze integratie belooft een revolutie teweeg te brengen in de manier waarop onderzoekers hun experimenten documenteren, analyseren en valoriseren.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) is een gratis en open source elektronisch laboratoriumnotitieboek, ontwikkeld onder AGPLv3-licentie. Het werd gelanceerd in 2012 en wordt vandaag de dag gebruikt door honderden laboratoria over de hele wereld, van biotechnologische start-ups tot openbare onderzoeksinstituten.

De tool combineert verschillende essentiële functies:

• Elektronisch laboratoriumboek: registratie van experimenten met tijdstempel, digitale handtekeningen en naleving van de normen voor wetenschappelijke traceerbaarheid
• Voorraadbeheer: Opvolging van middelen (chemische verbindingen, plasmiden, antilichamen, cellijnen)
• Reserveringssysteem: Planning van het delen van apparatuur en middelen tussen teams
• Gedetailleerde machtigingen: nauwkeurige controle over wie inhoud kan bekijken of wijzigen
• Export in meerdere formaten: PDF, ZIP, CSV, JSON en gestandaardiseerd ELN-formaat

De integratie tussen Charlie en eLabFTW verloopt transparant via de RESTful-API-interface van eLabFTW. Charlie heeft rechtstreeks toegang tot uw experimenten, protocollen en gegevens vanuit uw eLabFTW-instantie, met inachtneming van de door u geconfigureerde machtigingen.

Dit zijn de belangrijkste functies van deze integratie:

Wanneer u een nieuwe ervaring documenteert in eLabFTW, kan Charlie automatisch:

• Zoek relevante literatuur overPubMed en PubMed Central
• Identificeer octrooien die verband houden met uw protocol op Espacenet
• Gerelateerde artikelen en alternatieve methodologieën voorstellen
• Voeg bibliografische referenties toe die direct in uw eLabFTW-invoer zijn opgemaakt.

Deze functie verandert uw laboratoriumnotitieboekje in een actief wetenschappelijk monitoringinstrument, dat elk experiment automatisch in de context van de stand van de techniek plaatst.

Charlie kan uw experimentele resultaten analyseren en u helpen bij:

• Gegevens interpreteren: trends, afwijkingen of patronen in uw resultaten identificeren
• Vergelijk met de literatuur: vergelijk uw observaties met wat er gepubliceerd is.
• Follow-up-experimenten voorstellen: Controle-experimenten of experimentele variaties voorstellen op basis van uw resultaten
• Samenvattingen genereren: maak automatisch samenvattingen van uw ervaringen voor rapporten of publicaties.

Het terugvinden van een specifieke ervaring in jarenlange archieven kan tijdrovend zijn. Met Charlie kunt u uw laboratoriumboek in natuurlijke taal doorzoeken:

Charlie begrijpt de wetenschappelijke context van uw vragen en kan informatie uit meerdere experimenten combineren om u een totaalbeeld te geven.

Context: Een doctoraatsstudente moleculaire biologie documenteert in eLabFTW een reeks mislukte kwantitatieve PCR-tests.

Actie van Charlie:

• Analyseert de gedocumenteerde experimentele omstandigheden (temperaturen, concentraties, initiatoren)
• Zoek in PubMed naar recente artikelen over veelvoorkomende problemen met qPCR.
• Identificeert een publicatie waarin een wijziging van de hybridisatietemperatuur voor GC-rijke sequenties wordt voorgesteld.
• Stel deze wijziging automatisch voor in de eLabFTW-invoer met de bijbehorende referentie.

Resultaat: meerdere dagen aan troubleshooting bespaard en directe toegang tot gepubliceerde best practices.

Context: Een postdoctoraal onderzoeker moet het hoofdstuk Materiaal en methoden van een wetenschappelijk artikel schrijven.

Actie van Charlie:

• Haal alle ervaringen met betrekking tot het project op uit eLabFTW
• Identificeert de gebruikte protocollen en methodologieën
• Maak een eerste versie van het hoofdstuk Materiaal en methoden in academisch formaat.
• Voeg de referenties van de gebruikte kits, reagentia en apparatuur toe.

Resultaat: De tijd die nodig is om een rapport op te stellen, wordt teruggebracht van enkele uren tot enkele minuten, met volledige en traceerbare documentatie.

Context: Een laboratorium van het CNRS wil een octrooi aanvragen voor een nieuwe techniek voor het zuiveren van eiwitten.

Actie van Charlie:

• Analyse van de ervaringen met de ontwikkeling van de techniek in eLabFTW
• Zoek op Espacenet naar bestaande octrooien voor soortgelijke methoden.
• Identificeert de nieuwe elementen ten opzichte van de stand van de techniek
• Genereert een rapport over octrooien ter ondersteuning van het aanvraagdossier

Resultaat: Snelle evaluatie van het octrooilandschap en gedegen voorbereiding van het intellectuele-eigendomsdossier.

Een van de belangrijkste voordelen van deze integratie is de digitale soevereiniteit die ze garandeert. In tegenstelling tot Amerikaanse oplossingen die uw gegevens buiten de Europese Unie overdragen, is de integratie van eLabFTW x Charlie volledig GDPR-conform:

• eLabFTW wordt zelf gehost op uw eigen servers of op een Europese infrastructuur (via Deltablot).
• Charlie wordt gehost in Frankrijk, bij een Europese cloudprovider
• Geen gegevensoverdracht naar de Verenigde Staten of buiten de EU
• Volledige naleving van de vereisten van Franse overheidsinstellingen (CNRS, INSERM, universiteiten)

De integratie van eLabFTW x Charlie is eenvoudig en vereist geen geavanceerde technische kennis:

Stap 1: Een sleutel genereren API in eLabFTW

Ga in uw eLabFTW-instantie naar uw gebruikersprofiel en genereer een nieuwe sleutel API. Met deze sleutel krijgt Charlie toegang tot uw experimenten, met inachtneming van uw machtigingen.

Stap 2: Configureer de integratie inCharlie

Voeg in de interface van Charlie uw eLabFTW-instantie toe door het volgende op te geven:

• De URL van uw eLabFTW-instantie (bijv.: https://lab.example.com)
• Uw sleutelAPI

Stap 3: Uw voorkeuren instellen

Kies de functies die u wilt activeren:

• Automatische verrijking van ervaringen
• Analyse van resultaten op verzoek
• Conversationele zoekopdracht in het laboratoriumboek

Aanzienlijke tijdwinst

Documentatie, bibliografische monitoring en analyse van resultaten kunnen tot 30% van de werktijd van een onderzoeker in beslag nemen. Met de integratie van eLabFTW x Charlie wordt deze tijd aanzienlijk verkort, waardoor men zich kan concentreren op experimenten en innovatie.

Verbeterde kwaliteit en traceerbaarheid

De automatische contextualisering van experimenten en het toevoegen van relevante referenties verrijken uw laboratoriumboek. Elk experiment wordt een volledig, traceerbaar en gerefereerd wetenschappelijk document.

Vergemakkelijken van samenwerking

Dankzij de door Charlie gegenereerde samenvattingen kunnen teamleden snel inzicht krijgen in de geschiedenis van een project, zelfs als ze niet bij de eerste ervaringen betrokken waren. De kennisoverdracht verloopt sneller.

Eenvoudiger voorbereiden van publicaties

Het automatisch genereren van secties Materiaal en Methoden, samenvattingen van experimenten en lijsten met bibliografische referenties versnelt het schrijven van wetenschappelijke artikelen aanzienlijk.

De integratie van eLabFTW x Charlie is nog maar het begin. Emerit Science werkt actief aan nieuwe functionaliteiten:

• Voorspellende analyse: suggesties voor vervolgervaringen op basis van machine learning van uw eerdere resultaten
• Integratie met andere tools: Koppeling met GraphPad Prism, ImageJ en andere software voor gegevensanalyse
• Slimme sjablonen: automatische generatie van geoptimaliseerde protocollen op basis van recente literatuur
• Detectie van afwijkingen: automatische identificatie van afwijkende resultaten of resultaten die speciale aandacht vereisen

De integratie tussen eLabFTW en Charlie illustreert een visie op wetenschappelijk onderzoek waarin kunstmatige intelligentie de onderzoeker niet vervangt, maar hem bijstaat in zijn meest tijdrovende taken. Door de nauwkeurigheid van elektronische documentatie te combineren met de analytische kracht van AI, maakt deze integratie de weg vrij voor efficiënter, beter gedocumenteerd en meer collaboratief onderzoek.

Voor Europese laboratoria die hun digitale soevereiniteit en GDPR-conformiteit hoog in het vaandel hebben staan, vormt deze 100% Europese oplossing een geloofwaardig alternatief voor Amerikaanse aanbiedingen. De toekomst van wetenschappelijk onderzoek ligt in open, soevereine en intelligente tools.