Integration av eLabFTW medCharlie: AI till tjänst för ditt laboratorieanteckningsbok

Vetenskaplig dokumentation är central för modern forskning, men utgör också en stor utmaning för forskare. Mellan att föra noggranna laboratoriejournaler och analysera befintlig litteratur kan den tid som läggs på dessa administrativa uppgifter snabbt ta överhanden över själva forskningsarbetet.

Det är i detta sammanhang som Emerit Sciencetillkännager integreringen av sin vetenskapliga CharlieAI-agent med eLabFTW, Europas mest populära open source-baserade elektroniska laboratorieanteckningsbok (ELN). Denna integrering lovar att revolutionera hur forskare dokumenterar, analyserar och utvärderar sina experiment.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) är en gratis och öppen källkodsbaserad elektronisk laboratorieanteckningsbok, utvecklad under AGPLv3-licens. Den lanserades 2012 och används idag av hundratals laboratorier över hela världen, från bioteknikstartups till offentliga forskningsinstitut.

Verktyget kombinerar flera viktiga funktioner:

• Elektroniskt laboratoriehäfte: Registrering av experiment med tidsstämpel, digitala signaturer och överensstämmelse med standarder för vetenskaplig spårbarhet
• Lagerhantering: Spårning av resurser (kemiska föreningar, plasmider, antikroppar, cellinjer)
• Bokningssystem: Planering av delning av utrustning och resurser mellan team
• Detaljerade behörigheter: Exakt kontroll över vem som kan visa eller ändra innehållet
• Export i flera format: PDF, ZIP, CSV, JSON och standardiserat ELN-format

Integrationen mellan Charlie och eLabFTW sker på ett transparent sätt via eLabFTW:s RESTful-API. Charlie kan komma åt dina experiment, protokoll och data direkt från din eLabFTW-instans, samtidigt som de behörigheter du har konfigurerat respekteras.

Här är de viktigaste funktionerna i denna integration:

När du dokumenterar en ny erfarenhet i eLabFTW kan Charlie automatiskt:

• Sök efter relevant litteratur omPubMed och PubMed Central
• Identifiera patent relaterade till ditt protokoll på Espacenet
• Föreslå relaterade artiklar och alternativa metoder
• Lägg till formaterade bibliografiska referenser direkt i din eLabFTW-post

Denna funktion förvandlar ditt laboratorieanteckningsbok till ett aktivt verktyg för vetenskaplig övervakning, som automatiskt sätter varje experiment i sitt sammanhang inom den senaste tekniken.

Charlie kan analysera dina experimentella resultat och hjälpa dig att:

• Tolka data: Identifiera trender, avvikelser eller mönster i dina resultat
• Jämför med litteraturen: Jämför dina observationer med vad som har publicerats.
• Föreslå uppföljningsförsök: Föreslå kontroller eller experimentella variationer baserat på dina resultat.
• Skapa sammanfattningar: Skapa automatiskt sammanfattningar av dina erfarenheter för rapporter eller publikationer.

Att hitta en specifik erfarenhet i flera års arkiv kan vara tidskrävande. Med Charlie kan du söka i ditt laboratoriehäfte med naturligt språk:

Charlie förstår den vetenskapliga bakgrunden till dina frågor och kan sammanställa information från flera olika experiment för att ge dig en helhetsbild.

Bakgrund: En doktorand i molekylärbiologi dokumenterar i eLabFTW en serie misslyckanden med kvantitativ PCR.

Charlies insats:

• Analysera dokumenterade försöksförhållanden (temperaturer, koncentrationer, startpunkter)
• Sök i PubMed efter aktuella artiklar om vanliga problem med qPCR.
• Identifierar en publikation som föreslår en ändring av hybridiseringstemperaturen för GC-rika sekvenser.
• Föreslår automatiskt denna ändring i eLabFTW-posten med tillhörande referens.

Resultat: Flera dagars besparing i felsökning och omedelbar tillgång till publicerade bästa praxis.

Bakgrund: En postdoktorand ska skriva avsnittet Material och metoder i en vetenskaplig artikel.

Charlies insats:

• Hämta alla erfarenheter relaterade till projektet från eLabFTW
• Identifierar vilka protokoll och metoder som används
• Skapa ett första utkast till avsnittet Material och metoder i akademiskt format.
• Lägg till referenser till använda kit, reagenser och utrustning.

Resultat: Reducering av skrivtiden från flera timmar till några minuter, med fullständig och spårbar dokumentation.

Bakgrund: Ett laboratorium vid CNRS vill ansöka om patent på en ny teknik för rening av proteiner.

Charlies insats:

• Analysera erfarenheterna av teknikutvecklingen i eLabFTW
• Sök på Espacenet efter befintliga patent som omfattar liknande metoder.
• Identifierar nya element i förhållande till tidigare teknik
• Genererar en patentövervakningsrapport som bifogas ansökningshandlingarna

Resultat: Snabb utvärdering av patentlandskapet och gedigen förberedelse av immaterialrättsdokumentationen.

En av de största fördelarna med denna integration är den digitala suveränitet som den garanterar. Till skillnad från amerikanska lösningar som överför dina data utanför EU är integrationen mellan eLabFTW och Charlie helt GDPR-kompatibel:

• eLabFTW är självhostat på dina egna servrar eller på en europeisk infrastruktur (via Deltablot).
• Charlie är hostad i Frankrike hos en europeisk molnleverantör
• Ingen överföring av data till USA eller utanför EU
• Fullständig överensstämmelse med kraven från franska offentliga institutioner (CNRS, INSERM, universitet)

Det är enkelt att integrera eLabFTW x Charlie och det krävs inga avancerade tekniska kunskaper:

Steg 1: Generera en nyckel API i eLabFTW

I din eLabFTW-instans går du till din användarprofil och genererar en ny nyckel API. Denna nyckel gör det möjligt för Charlie att få tillgång till dina experiment i enlighet med dina behörigheter.

Steg 2: Konfigurera integrationen iCharlie

I gränssnittet för Charlie lägger du till din eLabFTW-instans genom att ange:

• URL-adressen till din eLabFTW-instans (t.ex. https://lab.example.com)
• Din nyckelAPI

Steg 3: Ange dina preferenser

Välj de funktioner du vill aktivera:

• Automatisk berikning av upplevelser
• Analys av resultat på begäran
• Konversationssökning i laboratorieanteckningsboken

Betydande tidsbesparing

Dokumentation, litteraturbevakning och analys av resultat kan ta upp till 30 % av en forskares arbetstid. Med integreringen av eLabFTW x Charlie minskar denna tid avsevärt, vilket gör det möjligt att fokusera på experiment och innovation.

Förbättrad kvalitet och spårbarhet

Automatisk kontextualisering av experiment och tillägg av relevanta referenser berikar ditt laboratoriehäfte. Varje experiment blir ett komplett, spårbart och refererat vetenskapligt dokument.

Underlättande av samarbete

De sammanfattningar som genereras av Charlie gör det möjligt för teammedlemmarna att snabbt förstå ett projekts historik, även om de inte har deltagit i de inledande experimenten. Kunskapsöverföringen påskyndas.

Enklare förberedelse av publikationer

Den automatiska genereringen av avsnitten Material och metoder, sammanfattningar av experiment och referenslistor påskyndar avsevärt skrivandet av vetenskapliga artiklar.

Integrationen mellan eLabFTW och Charlie är bara början. Emerit Science arbetar aktivt med nya funktioner:

• Prediktiv analys: Föreslå uppföljningsupplevelser baserade på maskininlärning av dina tidigare resultat
• Integration med andra verktyg: Anslutning till GraphPad Prism, ImageJ och annan programvara för dataanalys
• Intelligenta mallar: Automatisk generering av optimerade protokoll baserade på aktuell litteratur
• Detektering av avvikelser: Automatisk identifiering av avvikande resultat eller resultat som kräver särskild uppmärksamhet

Integrationen mellan eLabFTW och Charlie illustrerar en vision av vetenskaplig forskning där artificiell intelligens inte ersätter forskaren, utan hjälper denne med de mest tidskrävande uppgifterna. Genom att kombinera noggrannheten i elektronisk dokumentation med AI:s analytiska kraft banar denna integration väg för en mer effektiv, bättre dokumenterad och mer samarbetsinriktad forskning.

För europeiska laboratorier som värnar om sin digitala suveränitet och efterlevnad av GDPR utgör denna 100 % europeiska lösning ett trovärdigt alternativ till amerikanska erbjudanden. Framtiden för vetenskaplig forskning bygger på öppna, suveräna och intelligenta verktyg.