Integracja eLabFTW z Charlie: sztuczna inteligencja w służbie Twojego dziennika laboratoryjnego

Dokumentacja naukowa stanowi sedno współczesnych badań, ale stanowi również poważne wyzwanie dla naukowców. Pomiędzy prowadzeniem skrupulatnego dziennika laboratoryjnego a analizą istniejącej literatury, czas poświęcony na te zadania administracyjne może szybko wpłynąć na samą pracę badawczą.

W tym kontekście firma Emerit Scienceogłasza integrację swojegoCharlie naukowego agenta AI z eLabFTW, najpopularniejszym w Europie elektronicznym dziennikiem laboratoryjnym (ELN) typu open source. Integracja ta zapowiada rewolucję w sposobie dokumentowania, analizowania i wykorzystywania wyników badań przez naukowców.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) to bezpłatny, otwarty elektroniczny dziennik laboratoryjny, opracowany na licencji AGPLv3. Uruchomiony w 2012 roku, jest obecnie używany przez setki laboratoriów na całym świecie, od start-upów biotechnologicznych po publiczne instytuty badawcze.

Narzędzie łączy w sobie kilka podstawowych funkcji:

• Elektroniczny dziennik laboratoryjny: rejestrowanie eksperymentów z datą i godziną, podpisami cyfrowymi oraz zgodnością z normami dotyczącymi identyfikowalności naukowej
• Zarządzanie zapasami: śledzenie zasobów (związki chemiczne, plazmidy, przeciwciała, linie komórkowe)
• System rezerwacji: planowanie współdzielenia sprzętu i zasobów między zespołami
• Szczegółowe uprawnienia: precyzyjna kontrola nad tym, kto może przeglądać lub modyfikować treści
• Eksport w wielu formatach: PDF, ZIP, CSV, JSON i standardowy format ELN

Integracja między Charlie a eLabFTW odbywa się w sposób przejrzysty za pośrednictwem interfejsu RESTful APIu eLabFTW. Charlie może uzyskać dostęp do Twoich doświadczeń, protokołów i danych bezpośrednio z Twojej instancji eLabFTW, przy zachowaniu skonfigurowanych przez Ciebie uprawnień.

Oto kluczowe funkcje tej integracji:

Podczas dokumentowania nowego doświadczenia w eLabFTW, Charlie może automatycznie:

• Wyszukaj odpowiednią literaturę naPubMedstronie PubMed Central
• Znajdź patenty związane z Twoim protokołem w serwisie Espacenet
• Sugerowanie powiązanych artykułów i alternatywnych metodologii
• Dodaj sformatowane odniesienia bibliograficzne bezpośrednio do swojego wpisu w eLabFTW.

Ta funkcja przekształca Twój zeszyt laboratoryjny w aktywne narzędzie monitorowania naukowego, które automatycznie kontekstualizuje każde doświadczenie w kontekście aktualnego stanu wiedzy.

Charlie może analizować wyniki eksperymentów i pomóc w:

• Interpretacja danych: identyfikacja trendów, anomalii lub wzorców w wynikach
• Porównaj z literaturą: porównaj swoje obserwacje z opublikowanymi informacjami.
• Proponowanie dalszych eksperymentów: sugerowanie kontroli lub eksperymentalnych zmian w oparciu o uzyskane wyniki.
• Generowanie streszczeń: automatyczne tworzenie podsumowań swoich doświadczeń na potrzeby raportów lub publikacji.

Odnalezienie konkretnego doświadczenia w wieloletnich archiwach może być czasochłonne. Dzięki funkcji „Charlie” można przeszukiwać swój dziennik laboratoryjny, używając języka naturalnego:

Charlie rozumie naukowy kontekst Twoich zapytań i może łączyć informacje z wielu eksperymentów, aby zapewnić Ci całościowy obraz sytuacji.

Kontekst: Doktorantka biologii molekularnej dokumentuje w eLabFTW serię niepowodzeń w ilościowym PCR.

Działanie preparatuCharlie:

• Analiza udokumentowanych warunków eksperymentalnych (temperatury, stężenia, inicjatory)
• Wyszukaj w PubMed najnowsze artykuły dotyczące typowych problemów związanych z qPCR.
• Wskazuje publikację sugerującą zmianę temperatury hybrydyzacji dla sekwencji bogatych w GC.
• Automatycznie proponuje tę zmianę w wpisie eLabFTW wraz z powiązanym odniesieniem.

Wynik: oszczędność kilku dni na rozwiązywaniu problemów i natychmiastowy dostęp do opublikowanych najlepszych praktyk.

Kontekst: Doktorant musi napisać sekcję „Materiały i metody” artykułu naukowego.

Działanie preparatuCharlie:

• Pobierz wszystkie doświadczenia związane z projektem z eLabFTW
• Określa stosowane protokoły i metodologie
• Generuje wstępną wersję sekcji Materiały i metody w formacie akademickim.
• Dodaj odniesienia do użytych zestawów, odczynników i sprzętu.

Wynik: Skrócenie czasu sporządzania dokumentów z kilku godzin do kilku minut, przy zachowaniu kompletnej i identyfikowalnej dokumentacji.

Kontekst: Laboratorium CNRS chce zgłosić patent na nową technikę oczyszczania białek.

Działanie preparatuCharlie:

• Analiza doświadczeń związanych z rozwojem techniki w eLabFTW
• Wyszukaj w Espacenet istniejące patenty dotyczące podobnych metod.
• Wskazuje elementy nowości w stosunku do stanu techniki
• Generuje raport dotyczący monitorowania patentów, który dołącza się do wniosku patentowego.

Wynik: Szybka ocena sytuacji w zakresie patentów i solidne przygotowanie dokumentacji dotyczącej własności intelektualnej.

Jedną z głównych zalet tej integracji jest gwarancja suwerenności cyfrowej. W przeciwieństwie do rozwiązań amerykańskich, które przenoszą dane poza Unię Europejską, integracja eLabFTW x Charlie jest w pełni zgodna z RODO:

• eLabFTW jest hostowany na własnych serwerach lub w europejskiej infrastrukturze (za pośrednictwem Deltablot).
• Charlie jest hostowany we Francji, u europejskiego dostawcy usług w chmurze
• Brak transferu danych do Stanów Zjednoczonych lub poza UE
• Pełna zgodność z wymogami francuskich instytucji publicznych (CNRS, INSERM, uniwersytety)

Wdrożenie integracji eLabFTW x Charlie jest proste i nie wymaga zaawansowanych umiejętności technicznych:

Krok 1: Wygenerowanie klucza API w eLabFTW

W instancji eLabFTW przejdź do swojego profilu użytkownika i wygeneruj nowy klucz API. Klucz ten umożliwi serwisowi Charlie dostęp do Twoich doświadczeń zgodnie z Twoimi uprawnieniami.

Krok 2: Skonfiguruj integrację wCharlie

W interfejsie Charlie dodaj swoją instancję eLabFTW, podając:

• Adres URL Twojej instancji eLabFTW (np. https://lab.example.com)
• Twój kluczAPI

Krok 3: Określ swoje preferencje

Wybierz funkcje, które chcesz aktywować:

• Automatyczne wzbogacanie doświadczeń
• Analiza wyników na żądanie
• Wyszukiwanie konwersacyjne w zeszycie laboratoryjnym

Znaczna oszczędność czasu

Zadania związane z dokumentacją, monitorowaniem literatury i analizą wyników mogą stanowić nawet 30% czasu pracy naukowca. Dzięki integracji eLabFTW x Charlie czas ten ulega znacznemu skróceniu, co pozwala skupić się na eksperymentach i innowacjach.

Poprawa jakości i identyfikowalności

Automatyczne kontekstualizowanie doświadczeń i dodawanie odpowiednich odniesień wzbogaca Twój zeszyt laboratoryjny. Każde doświadczenie staje się kompletnym, identyfikowalnym i opatrzonym odniesieniami dokumentem naukowym.

Ułatwianie współpracy

Podsumowania generowane przez Charlie pozwalają członkom zespołu szybko zrozumieć historię projektu, nawet jeśli nie brali udziału w początkowych doświadczeniach. Przyspiesza to transfer wiedzy.

Łatwiejsze przygotowywanie publikacji

Automatyczne generowanie sekcji „Materiały i metody”, streszczeń doświadczeń oraz list bibliograficznych znacznie przyspiesza proces tworzenia artykułów naukowych.

Integracja eLabFTW x Charlie to dopiero początek. Emerit Science aktywnie pracuje nad nowymi funkcjami:

• Analiza predykcyjna: sugerowanie działań następczych w oparciu o automatyczne uczenie się na podstawie dotychczasowych wyników
• Integracja z innymi narzędziami: połączenie z GraphPad Prism, ImageJ i innym oprogramowaniem do analizy danych
• Inteligentne szablony: automatyczne generowanie zoptymalizowanych protokołów w oparciu o najnowszą literaturę
• Wykrywanie anomalii: automatyczna identyfikacja wyników odbiegających od normy lub wymagających szczególnej uwagi.

Integracja między eLabFTW a Charlie ilustruje wizję badań naukowych, w której sztuczna inteligencja nie zastępuje naukowca, ale pomaga mu w wykonywaniu najbardziej czasochłonnych zadań. Łącząc rygorystyczne podejście do dokumentacji elektronicznej z analityczną mocą sztucznej inteligencji, integracja ta otwiera drogę do bardziej efektywnych, lepiej udokumentowanych i opartych na współpracy badań.

Dla europejskich laboratoriów dbających o swoją suwerenność cyfrową i zgodność z RODO to w 100% europejskie rozwiązanie stanowi wiarygodną alternatywę dla ofert amerykańskich. Przyszłość badań naukowych opiera się na otwartych, suwerennych i inteligentnych narzędziach.