eLabFTW-integrasjon med Charlie: AI til tjeneste for laboratorienotatboken din

Vitenskapelig dokumentasjon er kjernen i moderne forskning, men det er også en stor utfordring for forskere. Mellom å føre en grundig laboratoriejournal og analysere eksisterende litteratur, kan tiden som brukes på disse administrative oppgavene fort gå ut over selve forskningsarbeidet.

Det er i denne sammenheng at Emerit Science kunngjør integreringen av Charlie, sin vitenskapelige AI-agent, med eLabFTW, den mest populære åpne kildekode-baserte elektroniske laboratorienotatboken (ELN) i Europa. Denne integreringen lover å revolusjonere måten forskere dokumenterer, analyserer og utnytter sine eksperimenter på.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) er en gratis og åpen kildekode elektronisk laboratorienotatbok, utviklet under AGPLv3-lisensen. Den ble lansert i 2012 og brukes nå av hundrevis av laboratorier over hele verden, fra bioteknologiske start-ups til offentlige forskningsinstitutter.

Verktøyet kombinerer flere viktige funksjoner:

• Elektronisk laboratorienotatbok: Registrering av eksperimenter med tidsstempler, digitale signaturer og overholdelse av vitenskapelige sporbarhetsstandarder
• Lagerstyring: Ressurssporing (kjemiske forbindelser, plasmider, antistoffer, cellelinjer)
• Booking system: Planlegging av deling av utstyr og ressurser mellom teamene
• Detaljerte tillatelser: Nøyaktig kontroll over hvem som kan se eller redigere innhold
• Eksport i flere formater: PDF, ZIP, CSV, JSON og standardisert ELN-format

Integrasjonen mellom Charlie og eLabFTW er sømløs via eLabFTWs RESTful-API. Charlie kan få tilgang til eksperimentene, protokollene og dataene dine direkte fra eLabFTW-instansen din, samtidig som den respekterer tillatelsene du har konfigurert.

Her er de viktigste funksjonene i denne integrasjonen:

Når du dokumenterer et nytt eksperiment i eLabFTW, kan Charlie automatisk:

• Søk etter relevant litteratur omPubMed og PubMed Central
• Identifiser patenter relatert til protokollen din på Espacenet
• Foreslå relaterte artikler og alternative metoder
• Legg til formaterte bibliografiske referanser direkte i eLabFTW-oppføringen din

Denne funksjonen forvandler laboratorienotatboken din til et aktivt vitenskapelig overvåkingsverktøy, som automatisk setter hvert eksperiment i sammenheng med den nyeste utviklingen innen feltet.

Charlie kan analysere dine eksperimentelle resultater og hjelpe deg med å:

• Tolkning av data: Identifisere trender, avvik eller mønstre i resultatene dine
• Sammenlign med litteraturen: Sammenlign dine observasjoner med det som er publisert.
• Foreslå oppfølgingseksperimenter: Foreslå kontroller eller eksperimentelle variasjoner basert på resultatene dine.
• Generer sammendrag: Lag automatisk sammendrag av dine erfaringer til rapporter eller publikasjoner.

Det kan være tidkrevende å finne et bestemt eksperiment i mange års arkiver. Med Charlie kan du søke i laboratorienotatboken din ved hjelp av naturlig språk:

Charlie forstår den vitenskapelige konteksten til dine spørsmål og kan krysshenvise informasjon fra flere eksperimenter for å gi deg en oversikt.

Kontekst: En doktorgradsstudent i molekylærbiologi dokumenterer en rekke kvantitative PCR-feil i eLabFTW.

Charlies handling:

• Analyserer de dokumenterte eksperimentelle forholdene (temperaturer, konsentrasjoner, primere)
• Søk på PubMed for å finne nyere artikler om vanlige problemer med qPCR.
• Identifiserer en publikasjon som foreslår en endring av hybridiseringstemperaturen for GC-rike sekvenser.
• Foreslå automatisk denne endringen i eLabFTW-oppføringen med tilhørende referanse.

Resultat: Flere dager spart på feilsøking og umiddelbar tilgang til publiserte beste praksis.

Kontekst: En postdoktorand må skrive delen om materialer og metoder i en vitenskapelig artikkel.

Charlies handling:

• Hent alle erfaringer knyttet til prosjektet fra eLabFTW
• Identifiserer protokollene og metodene som brukes
• Genererer et første utkast til delen «Materialer og metoder» i akademisk format.
• Legg til referanser for brukte sett, reagenser og utstyr.

Resultat: Reduksjon i utarbeidelsestiden fra flere timer til noen få minutter, med omfattende og sporbar dokumentasjon.

Kontekst: Et CNRS-laboratorium ønsker å søke om patent på en ny teknikk for rensing av proteiner.

Charlies handling:

• Analyser erfaringer med teknisk utvikling i eLabFTW
• Søk i Espacenet etter eksisterende patenter som dekker lignende metoder.
• Identifiserer elementer som er nye sammenlignet med tidligere kjent teknikk
• Genererer en patentovervåkingsrapport som vedlegg til søknadsdokumentene

Resultat: Rask vurdering av patentlandskapet og grundig forberedelse av dokumentasjonen for immaterielle rettigheter.

En av de største fordelene med denne integrasjonen er den digitale suvereniteten den garanterer. I motsetning til amerikanske løsninger som overfører dataene dine utenfor EU, er integrasjonen mellom eLabFTW og Charlie fullt ut i samsvar med GDPR:

• eLabFTW er selvhostet på dine egne servere eller på en europeisk infrastruktur (via Deltablot).
• Charlie er hostet i Frankrike, hos en europeisk skyleverandør
• Ingen dataoverføring til USA eller utenfor EU
• Full overholdelse av kravene fra franske offentlige institusjoner (CNRS, INSERM, universiteter)

Det er enkelt å konfigurere integrasjonen mellom eLabFTW og Charlie, og det krever ingen avanserte tekniske ferdigheter:

Trinn 1: Generer en nøkkel API i eLabFTW

I din eLabFTW-instans går du til brukerprofilen din og genererer en ny nøkkel API. Denne nøkkelen gir Charlie tilgang til eksperimentene dine i samsvar med dine tillatelser.

Trinn 2: Konfigurer integrasjonsinCharlie

I grensesnittet «Charlie» (Administrer eLabFTW-instanser) legger du til eLabFTW-instansen din ved å oppgi:

• URL-adressen til din eLabFTW-instans (f.eks. https://lab.example.com)
• keyAPI

Trinn 3: Angi dine preferanser

Velg funksjonene du ønsker å aktivere:

• Automatisk berikelse av opplevelser
• Resultatanalyse på forespørsel
• Konversasjonssøk i laboratorienotatboken

Betydelig tidsbesparelse

Dokumentasjon, bibliografisk overvåking og resultatanalyse kan utgjøre opptil 30 % av en forskers arbeidstid. Med integreringen av eLabFTW x Charlie reduseres denne tiden betydelig, slik at forskere kan fokusere på eksperimentering og innovasjon.

Forbedret kvalitet og sporbarhet

Automatisk kontekstualisering av eksperimenter og tillegg av relevante referanser beriker laboratorienotatboken din. Hvert eksperiment blir et komplett, sporbar og referert vitenskapelig dokument.

Tilrettelegging for samarbeid

Sammendragene som genereres av Charlie gjør det mulig for teammedlemmer å raskt forstå historikken til et prosjekt, selv om de ikke var involvert i de innledende eksperimentene. Kunnskapsoverføringen blir dermed raskere.

Forenklet publiseringsforberedelse

Automatisk generering av seksjoner om materialer og metoder, eksperimentoppsummeringer og bibliografiske referanselister gjør det betydelig raskere å skrive vitenskapelige artikler.

Integrasjonen av eLabFTW og Charlie er bare begynnelsen. Emerit Science jobber aktivt med nye funksjoner:

• Prediktiv analyse: Foreslå oppfølgingsopplevelser basert på maskinlæring fra tidligere resultater
• Integrasjon med andre verktøy: Tilkobling med GraphPad Prism, ImageJ og annen programvare for dataanalyse
• Smarte maler: Automatisk generering av optimaliserte protokoller basert på nyere litteratur
• Anomalideteksjon: Automatisk identifisering av resultater som er unormale eller krever spesiell oppmerksomhet

Integrasjonen mellom eLabFTW og Charlie illustrerer en visjon om vitenskapelig forskning hvor kunstig intelligens ikke erstatter forskeren, men hjelper dem med de mest tidkrevende oppgavene. Ved å kombinere nøyaktigheten i elektronisk dokumentasjon med den analytiske kraften til AI, baner denne integrasjonen vei for mer effektiv, bedre dokumentert og mer samarbeidsorientert forskning.

For europeiske laboratorier som er opptatt av digital suverenitet og GDPR-samsvar, representerer denne 100 % europeiske løsningen et troverdig alternativ til amerikanske tilbud. Fremtiden for vitenskapelig forskning ligger i åpne, suverene og intelligente verktøy.