Integration von eLabFTW mit Charlie: KI im Dienste Ihres Laborbuchs

Die wissenschaftliche Dokumentation steht im Mittelpunkt der modernen Forschung, stellt jedoch auch eine große Herausforderung für Forscher dar. Zwischen dem Führen eines sorgfältigen Laborbuchs und der Analyse der vorhandenen Literatur kann die für diese administrativen Aufgaben aufgewendete Zeit schnell die eigentliche Forschungsarbeit beeinträchtigen.

Vor diesem Hintergrund kündigt Emerit Sciencedie Integration Charlieseines wissenschaftlichen KI-Agenten in eLabFTW an, das beliebteste Open-Source-Elektronische Laborjournal (ELN) in Europa. Diese Integration verspricht, die Art und Weise zu revolutionieren, wie Forscher ihre Experimente dokumentieren, analysieren und verwerten.

eLabFTW (electronic Lab notebook For The World) ist ein kostenloses und quelloffenes elektronisches Laborbuch, das unter der AGPLv3-Lizenz entwickelt wurde. Es wurde 2012 eingeführt und wird heute von Hunderten von Labors auf der ganzen Welt verwendet, von Biotechnologie-Startups bis hin zu öffentlichen Forschungsinstituten.

Das Tool vereint mehrere wichtige Funktionen:

• Elektronisches Laborbuch: Aufzeichnung von Experimenten mit Zeitstempel, digitalen Signaturen und Einhaltung wissenschaftlicher Rückverfolgbarkeitsstandards
• Bestandsverwaltung: Nachverfolgung von Ressourcen (chemische Verbindungen, Plasmide, Antikörper, Zelllinien)
• Reservierungssystem: Planung der gemeinsamen Nutzung von Ausrüstung und Ressourcen durch verschiedene Teams
• Detaillierte Berechtigungen: Genaue Kontrolle darüber, wer Inhalte anzeigen oder bearbeiten darf
• Export in verschiedenen Formaten: PDF, ZIP, CSV, JSON und standardisiertes ELN-Format

Die Integration zwischen Charlie und eLabFTW erfolgt nahtlos über die RESTful-API-Schnittstelle von eLabFTW. Charlie kann direkt von Ihrer eLabFTW-Instanz aus auf Ihre Experimente, Protokolle und Daten zugreifen, wobei die von Ihnen konfigurierten Berechtigungen berücksichtigt werden.

Hier sind die wichtigsten Funktionen dieser Integration:

Wenn Sie ein neues Experiment in eLabFTW dokumentieren, kann Charlie automatisch:

• Suche nach einschlägiger Literatur zuPubMed und PubMed Central
• Identifizieren Sie Patente, die mit Ihrem Protokoll auf Espacenet in Verbindung stehen
• Ähnliche Artikel und alternative Methoden vorschlagen
• Fügen Sie formatierte Literaturangaben direkt in Ihren eLabFTW-Eintrag ein.

Diese Funktion verwandelt Ihr Laborheft in ein aktives wissenschaftliches Beobachtungsinstrument, das jedes Experiment automatisch in den aktuellen Stand der Technik einordnet.

Charlie kann Ihre Versuchsergebnisse analysieren und Ihnen dabei helfen:

• Daten interpretieren: Identifizieren Sie Trends, Anomalien oder Muster in Ihren Ergebnissen.
• Vergleichen Sie mit der Literatur: Vergleichen Sie Ihre Beobachtungen mit dem, was veröffentlicht wurde.
• Folgeexperimente vorschlagen: Schlagen Sie auf der Grundlage Ihrer Ergebnisse Kontrollen oder experimentelle Variationen vor.
• Zusammenfassungen erstellen: Erstellen Sie automatisch Zusammenfassungen Ihrer Erfahrungen für Berichte oder Veröffentlichungen.

Das Auffinden einer bestimmten Erfahrung in jahrelangen Archiven kann sehr zeitaufwendig sein. Mit Charlie können Sie Ihr Laborbuch in natürlicher Sprache abfragen:

Charlie versteht den wissenschaftlichen Kontext Ihrer Anfragen und kann Informationen aus mehreren Experimenten miteinander verknüpfen, um Ihnen einen Überblick zu verschaffen.

Hintergrund: Eine Doktorandin der Molekularbiologie dokumentiert in eLabFTW eine Reihe von Fehlschlägen bei der quantitativen PCR.

Charlie-Aktion:

• Analyse der dokumentierten Versuchsbedingungen (Temperaturen, Konzentrationen, Auslöser)
• Suche in PubMed nach aktuellen Artikeln zu gängigen qPCR-Problemen
• Identifiziert eine Veröffentlichung, die eine Änderung der Hybridisierungstemperatur für GC-reiche Sequenzen vorschlägt.
• Schlägt diese Änderung automatisch im eLabFTW-Eintrag mit der zugehörigen Referenz vor.

Ergebnis: Mehrere Tage Zeitersparnis bei der Fehlersuche und sofortiger Zugriff auf veröffentlichte Best Practices.

Hintergrund: Ein Postdoktorand muss den Abschnitt „Materialien und Methoden” eines wissenschaftlichen Artikels verfassen.

Charlie-Aktion:

• Ruft alle mit dem Projekt verbundenen Erfahrungen aus eLabFTW ab.
• Identifiziert die verwendeten Protokolle und Methoden
• Erstellt einen ersten Entwurf des Abschnitts „Materialien und Methoden” im akademischen Format.
• Fügen Sie die Referenzen der verwendeten Kits, Reagenzien und Geräte hinzu.

Ergebnis: Reduzierung der Bearbeitungszeit von mehreren Stunden auf wenige Minuten, mit vollständiger und nachvollziehbarer Dokumentation.

Hintergrund: Ein CNRS-Labor möchte ein Patent für eine neue Technik zur Reinigung von Proteinen anmelden.

Charlie-Aktion:

• Analyse der Erfahrungen mit der Entwicklung der Technik in eLabFTW
• Recherchieren Sie auf Espacenet nach bestehenden Patenten, die ähnliche Verfahren abdecken.
• Identifiziert die Neuerungen gegenüber dem Stand der Technik
• Erstellt einen Patentüberwachungsbericht zur Begleitung der Anmeldungsunterlagen

Ergebnis: Schnelle Bewertung der Patentlandschaft und solide Vorbereitung der Unterlagen zum geistigen Eigentum.

Einer der größten Vorteile dieser Integration ist die digitale Souveränität, die sie gewährleistet. Im Gegensatz zu amerikanischen Lösungen, bei denen Ihre Daten außerhalb der Europäischen Union übertragen werden, ist die Integration von eLabFTW x Charlie vollständig DSGVO-konform:

• eLabFTW wird auf Ihren eigenen Servern oder auf einer europäischen Infrastruktur (über Deltablot) selbst gehostet.
• Charlie wird in Frankreich bei einem europäischen Cloud-Anbieter gehostet
• Keine Datenübermittlung in die USA oder außerhalb der EU
• Vollständige Übereinstimmung mit den Anforderungen französischer öffentlicher Einrichtungen (CNRS, INSERM, Universitäten)

Die Einrichtung der Integration von eLabFTW x Charlie ist einfach und erfordert keine fortgeschrittenen technischen Kenntnisse:

Schritt 1: Generieren Sie einen Schlüssel „API” in eLabFTW.

Gehen Sie in Ihrer eLabFTW-Instanz zu Ihrem Benutzerprofil und generieren Sie einen neuen Schlüssel API. Dieser Schlüssel ermöglicht Charlie den Zugriff auf Ihre Experimente unter Einhaltung Ihrer Berechtigungen.

Schritt 2: Konfigurieren Sie die Integration inCharlie

Fügen Sie in der Benutzeroberfläche von Charlie Ihre eLabFTW-Instanz hinzu, indem Sie Folgendes angeben:

• Die URL Ihrer eLabFTW-Instanz (z. B.: https://lab.example.com)
• Ihr SchlüsselAPI

Schritt 3: Legen Sie Ihre Präferenzen fest

Wählen Sie die Funktionen aus, die Sie aktivieren möchten:

• Automatische Anreicherung von Erfahrungen
• Analyse der Ergebnisse auf Anfrage
• Konversationssuche im Laborheft

Erhebliche Zeitersparnis

Die Dokumentation, Literaturrecherche und Ergebnisanalyse können bis zu 30 % der Arbeitszeit eines Forschers ausmachen. Durch die Integration von eLabFTW x Charlie wird dieser Zeitaufwand erheblich reduziert, sodass man sich auf Experimente und Innovationen konzentrieren kann.

Verbesserte Qualität und Rückverfolgbarkeit

Die automatische Kontextualisierung der Experimente und das Hinzufügen relevanter Referenzen bereichern Ihr Laborbuch. Jedes Experiment wird zu einem vollständigen, nachvollziehbaren und referenzierten wissenschaftlichen Dokument.

Erleichterung der Zusammenarbeit

Die von Charlie generierten Zusammenfassungen ermöglichen es den Teammitgliedern, sich schnell einen Überblick über die Geschichte eines Projekts zu verschaffen, auch wenn sie nicht an den ersten Versuchen beteiligt waren. Der Wissenstransfer wird beschleunigt.

Einfachere Vorbereitung von Veröffentlichungen

Die automatische Generierung von Abschnitten zu Materialien und Methoden, Zusammenfassungen von Experimenten und Literaturverzeichnissen beschleunigt das Verfassen wissenschaftlicher Artikel erheblich.

Die Integration von eLabFTW x Charlie ist nur der Anfang. Emerit Science arbeitet aktiv an neuen Funktionen:

• Prädiktive Analyse: Vorschläge für Folgeexperimente auf Basis maschinellen Lernens aus Ihren bisherigen Ergebnissen
• Integration mit anderen Tools: Verbindung mit GraphPad Prism, ImageJ und anderer Datenanalyse-Software
• Intelligente Vorlagen: Automatische Erstellung optimierter Protokolle auf Grundlage aktueller Fachliteratur
• Erkennung von Anomalien: Automatische Identifizierung von abnormalen Ergebnissen oder Ergebnissen, die besondere Aufmerksamkeit erfordern

Die Integration zwischen eLabFTW und Charlie veranschaulicht eine Vision der wissenschaftlichen Forschung, in der künstliche Intelligenz den Forscher nicht ersetzt, sondern ihn bei seinen zeitaufwändigsten Aufgaben unterstützt. Durch die Kombination der Genauigkeit elektronischer Dokumentation mit der analytischen Leistungsfähigkeit der KI ebnet diese Integration den Weg für eine effizientere, besser dokumentierte und kooperativere Forschung.

Für europäische Labore, denen ihre digitale Souveränität und die Einhaltung der DSGVO am Herzen liegen, stellt diese zu 100 % europäische Lösung eine glaubwürdige Alternative zu amerikanischen Angeboten dar. Die Zukunft der wissenschaftlichen Forschung liegt in offenen, souveränen und intelligenten Tools.