Emmy (CNRS) vs Charlie : Quel Outil IA pour la Recherche ?

Emmy : Le Chatbot Généraliste du CNRS

Emmy est le fruit d'un partenariat entre le CNRS et Mistral AI, signé en octobre 2025. L'argument principal de ce choix est la souveraineté numérique : face à un marché de l'IA dominé par les acteurs américains (OpenAI, Google) et chinois, le CNRS a opté pour une solution européenne. Les données des utilisateurs sont hébergées dans des datacenters européens, conformes au RGPD et à l'IA Act.

Fonctionnalités d'Emmy :

• Traduction de textes dans toutes les langues
• Synthèse de documents et aide à la reformulation
• Recherche sur le web
• Reconnaissance de textes et d'images
• Mode « raisonnement » pour traiter les questions étape par étape
• Ajout de documents externes pour contextualiser les réponses

Emmy compte déjà plus de 7 000 utilisateurs actifs. Fait notable : le déploiement d'Emmy s'accompagne d'une interdiction d'utiliser d'autres IA généralistes (ChatGPT, Gemini, etc.) dans le cadre professionnel au CNRS. Emmy n'utilise pas les prompts et documents des utilisateurs pour entraîner ses modèles.

Charlie : L'Agent IA Scientifique Spécialisé

Charlie adopte une philosophie fondamentalement différente. Plutôt qu'un chatbot généraliste, c'est un agent IA autonome conçu spécifiquement pour la recherche biomédicale. La distinction est cruciale : un chatbot répond à vos questions, un agent planifie et exécute des tâches complexes de manière autonome.

Fonctionnalités de Charlie :

• Accès en temps réel à PubMed (35M+ articles), PMC (10M+ textes intégraux), GEO (6M+ datasets génomiques), Espacenet (140M+ brevets)
• Citations systématiques avec DOI, PMID, numéros de brevets
• Analyse multi-documents (centaines de PDFs simultanément)
• 7 cas d'usages scientifiques : veille bibliographique, résumé d'articles, hypothèses, protocoles expérimentaux, interprétation de résultats, préparation de publications
• Spécialisation profonde en recherche biomédicale
• Espace de travail personnel pour organiser ses documents

Charlie est également 100% souverain, hébergé sur des datacenters français certifiés, conforme au RGPD, et ne réutilise jamais les données pour l'entraînement.

Tableau Comparatif : Emmy vs Charlie

Chatbot vs Agent : Une Différence Fondamentale

La différence la plus importante entre Emmy et Charlie ne réside pas dans leurs fonctionnalités individuelles, mais dans leur architecture fondamentale. Emmy est un chatbot : il répond aux questions que vous lui posez, une à la fois, de manière réactive. Charlie est un agent : il peut décomposer un objectif complexe en sous-tâches, planifier une stratégie, interroger plusieurs sources simultanément, et ajuster son approche en fonction des résultats intermédiaires.

Exemple concret : Vous demandez « Quels sont les biomarqueurs prometteurs pour le diagnostic précoce de la maladie d'Alzheimer ? »

• Emmy (chatbot) : Génère une réponse basée sur ses connaissances pré-entraînées, potentiellement datées. Peut faire une recherche web générale si vous le demandez explicitement.
• Charlie (agent) : Interroge automatiquement PubMed pour les publications récentes, PMC pour les revues systématiques, GEO pour les données d'expression génique, identifie les biomarqueurs les plus cités, analyse les études cliniques associées, et synthétise une réponse complète avec 15-20 références vérifiables (DOI/PMID).

« Emmy est un excellent outil pour les tâches administratives et la productivité générale au CNRS. Mais pour la recherche scientifique proprement dite, nous avions besoin d'un outil qui comprenne nos besoins spécifiques et qui puisse interroger directement les bases de données scientifiques. C'est pourquoi nous utilisons Charlie pour nos revues de littérature. » — Chercheur, Institut de Biologie, CNRS

Pour Qui Choisir Chaque Solution ?

Les deux solutions ne sont pas nécessairement en compétition : elles répondent à des besoins différents. Un chercheur du CNRS pourrait utiliser Emmy pour ses tâches administratives et de communication, tout en utilisant Charlie pour sa recherche scientifique proprement dite. L'important est de choisir l'outil adapté à chaque tâche.

Conclusion : Deux Visions de l'IA Scientifique

L'émergence d'Emmy au CNRS et de Charlie illustre une tendance de fond : la recherche française prend le virage de l'IA tout en privilégiant des solutions souveraines. Ces deux approches représentent deux visions complémentaires :

• Emmy démocratise l'accès à l'IA pour tous les agents du CNRS, toutes disciplines confondues, avec un outil généraliste performant.
• Charlie propose une spécialisation profonde pour la recherche biomédicale, avec une architecture d'agent permettant des tâches complexes autonomes.

Le choix entre les deux dépend de vos besoins spécifiques. Pour une utilisation scientifique intensive nécessitant des sources vérifiables et un accès aux bases de données spécialisées, Charlie offre des capacités qu'un chatbot généraliste ne peut pas égaler. Pour une productivité quotidienne et des tâches variées, Emmy remplit parfaitement son rôle.